药学部是集药品供应、药品调剂、药品质量管理、临床药学服务、药学教学、药学科研、药事管理为一体的医技科室。下设临床药学科和药品调剂科两个部门，包括门诊药房、中药房、住院药房、药品库房、临床药学室、GCP机构办公室。

全科现有药学专业技术人员43人，副主任药师及以上人员1名，主管药师及主管中药师33名，药师9名；其中硕士学历8名，本科24名。药学部在保障药品供应的基础上，积极拓展以患者为中心的药学服务模式。临床药学科现有6名临床药师。临床药师以病人为中心，以促进合理用药为目标，参与临床患者药物治疗工作，并开设了药学门诊。门诊西药房、门诊中药房、住院药房主要为药品调剂部门，负责全院病人的药品审核、调配、发放。严格按照《处方管理办法》的“四查十对”要求对处方进行调配，保证药品合理、及时、无误配发到病人与临床。

药学部作为四川天府新区药事管理质量控制中心挂靠与运行部门，开展全区的药事管理质量控制及指导工作。